大兴亦庄分校、通州分校、内蒙古集宁分校，一共有3个分校。
北京市第二中学亦庄学校
2011年4月15日，北京市大兴区教育委员会、开发区社会发展局正式启动全面提升北京经济技术开发区实验学校办学水平的工作；2011年9月起，实验学校转制为公办学校并更名为北京市第二中学亦庄学校。
北京二中通州分校
北京二中（通州校区）位于长安街延长线东端，通州新城区的中心，古老而文明的京杭大运河畔，是通州区实施引入名校“优质办学资源”战略，与有着丰厚教育教学资源的北京二中联姻后，首批重点建设的一所十二年制公立学校。
北京二中内蒙古集宁分校
集宁二中位于乌兰察布市集宁区中心,始建于1956年9月,1956年9月发展为一所完全中学。
