很多小说里写的水木大学是那座学校

清华大学。

解析：水木大学是水木清华是北京清华园中最著名的景点，位于清华大学工字厅的北侧。清华园的名字即来源于此，被称作清华园园中之园；清华大学是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，是中国最好的大学。