巴中市的重点中学有巴中市恩阳区恩阳中学、巴中市第三中学、巴中市第五中学、四川省巴中中学和四川省南江县长赤中学。这些学校在教育方面都有着较高的地位和影响力。其中，巴中市恩阳区恩阳中学是四川省二级示范性普通高中、四川省校风示范学校、四川省现代教育技术示范学校、四川省实验教学示范学校、四川省依法治校示范学校；巴中市第三中学是一所市直属公办重点高完中学，以强管理、抓育人、创品牌、树形象为办学思路；巴中市第五中学是市级示范性普通高中学校，已经完工并投入使用了一期和二期建设工程；四川省巴中中学是巴中市教育局直属公办完全中学，是四川省首批重点中学和四川省标准示范性普通高中；四川省南江县长赤中学则是始建于清朝咸丰年间的龙池书院，具有160余年的办学历史，于2016年成为四川省二级示范性普通高中。
