《五号特工组》第三部讲述1946年***派出的特勤小组押解战犯石岩夫从日本到南京所发生的故事。
1947年夏天，任***上尉军官的地下党员马昀飞被任命为国防部特勤小组组长，带领其他四人将制造南京大**的元凶之一、乙级战犯石岩夫引渡到中国首都南京进行审判。
一行人踏上了曲折迂回，危机重重的押送战犯的历程：从东京到大连，从天津到武汉，从芜湖到上海途中，他们遇到明里暗里交替出现的两股敌人—日本军国主义死硬分子和尚未暴露的军委会汉奸**。
特勤小组一行人始终以民族大义和国家利益为宗旨，斗智斗勇，最终将石岩夫押上法庭；同时揭露了当年出卖三百部下给731细菌部队当“马路大”的惊天大案。
《五号特工组之战后之战》采用了史实+虚构+公路+动作的战争情节剧模式，赋予了该剧跌宕起伏、引人入胜故事情节，增加了历史厚重感。押送、营救、暗***、诱惑、憎恨层层叠叠、迷雾重重，紧张、惊险、悬疑、对抗的激烈气氛让观众能感受到美国大片式“谍影重重”的魅力。
该剧中特勤小组的帅酷形象虽然有一丝做作，但融入精彩的动作设计也使得特工们炫酷出彩，几位主角的感情戏份，也使剧情更为曲折跌宕。
